お客様との取引中にトラブルがあった場合、まずはお客様にメールをした方がよいです。
実際に私が体験したことをお話します。

商品の配送中に封筒が破けてしまったことがあります。
このままではお届けできないということでいったん私の手元に戻ってきました。
私はすぐに新しい封筒に入れ替えて、送りました

ここで商品は無事だったので問題なくお客様にはお届けできました。
しかし、到着は２，３日遅れてしまいます。

私はすぐさま、お客様にメールで遅れた旨をお伝えしました。
もちろん、怒られるようなことはありませんでした。

もし、メールをしていなくてもクレームにはならなかったかもしれません。
しかし、お客様は「遅いなぁ」と感じていたと思います。
ホントに発送してくれたのかなぁと不安になっていたかもしれません。

メールを送ることで結果（到着日時）は同じですが、事実を知っていただくことで安心してもらえると思います。
また、納得してもらえると思います。

大した問題でなくても、伝えた方がいい場合があります。
その辺は自分で考えて判断したほうがいいです。
お客様への気遣いは大切だと思います。